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阻遏蛋白的DNA结合活性受Trp调控, Trp起着一个效应分子的作用, Trp与之结合的动力学常数为1～2 ×10- 5mol·L - 1.在有高浓度Trp存在时,阻遏蛋白- 色氨酸复合物形成一个同源二聚体,并且与色氨酸操纵子紧密结合,因此可以阻止转录.阻遏蛋白- 色氨酸复合物与基因特异位点结合的能力很强,动力学常数为2 ×10- 10mol·L - 1 ,因此细胞内阻遏蛋白数量仅有20～30分子已可充分发挥作用.当Trp 水平低时,阻遏蛋白以一种非活性形式存在,不能结合DNA.在这样的条件下, trp操纵子被RNA聚合酶转录,同时Trp 生物合成途径被激活.
调节基因的产物即所谓阻遏蛋白,它没有活性,但若与辅阻遏物结合便可成为具有活性的阻遏物,因此可与操纵基因结合.