解题思路：根据纯合的蓝色品种与纯合的鲜红色品种杂交，F1为蓝色，可知蓝色为显性．又F1蓝色与纯合鲜红品种杂交，子代的表现型及其比例为蓝色：鲜红色=3：1，说明性状是由两对等位基因控制的，且鲜红色是双隐性，含显性基因时即为显性．
设控制性状的两对等位基因为A、a和B、b，则纯合的蓝色品种基因型为AABB，纯合的鲜红色品种基因型为aabb，杂交后产生的F1基因型为AaBb．F1蓝色与纯合鲜红品种杂交，子代的表现型及其比例为蓝色（AaBb、Aabb、aaBb）：鲜红色（aabb）=3：1．因此，F1蓝色植株自花授粉，则F2表现型及其比例最可能是蓝色（1AABB、2AaBB、2AABb、4AaBb、1AAbb、2Aabb、1aaBB、2aaBb）：鲜红色（aabb）=15：1．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 孟德尔自由组合定律的变式试题为目前高频考点，在选择题、综合题中都经常出现．解答本类题目熟悉孟德尔自由组合定律9：3：3：1是关键．