大沟（major groove）和小沟（minor groove）:绕B-DNA双螺旋表面上出现的螺旋槽（沟）,宽的沟称为大沟,窄沟称为小沟.
大沟,小沟都是由于碱基对堆积和糖-磷酸骨架扭转造成的.
DNA大沟所带遗传信息比小沟多；沟的宽窄深浅直接影响到调控蛋白对DNA遗传信息的识别
DNA双螺旋中的两股链走向是反平行的,一股链是5′→3′走向,另一股链是3′→5′走向.两股链之间在空间上形成一条大沟（major groove）和一条小沟（minor groove）,这是蛋白质识别DNA的碱基序列,与其发生相互作用的基础.