解题思路：a通过地理隔离形成两个种群a1和a2，分别演化出b、d、c三个种群，虽然有地理隔离，但是不一定会产生生殖隔离，d是由a1演变而来，所以c与d之间可能存在生殖隔离，基因频率的改变不一定会导致生殖隔离产生新的物种，但是产生生殖隔离的种群，基因频率一定会发生变化．a1中的外迁群体与当时留居群体的基因频率相同，但是b和d由于地理隔离存在，所以可能不是同一物种．
A、a通过地理隔离形成两个种群a1和a2，分别演化出b、d、c三个种群，虽然有地理隔离，但是不一定会产生生殖隔离，A错误，
B、由于d是由a1演变而来，c是由a2演变而来的，所以c与d之间可能存在生殖隔离，B正确，
C、生物进化的基本单位是种群，所以a1和a2种群都可以作为生物进化的基本单位，C错误，
D、b和d是由a1演变而来的，c是由a2演变而来的，而a1和a2都是由a演变来的，所以它们具有共同的原始祖先，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 物种的概念与形成．
考点点评： 本题主要考查物种形成的有关知识，解答本题应从以下几个方面入手分析：①物种形成的一般过程，②物种形成与隔离的关系，③地理隔离与生殖隔离的关系．