解题思路：基因频率是在种群基因库中某一基因占所有等位基因的比例，影响基因频率的变化因素有突变，自然选择，迁入和迁出、遗传漂变等．
①基因突变可以影响种群基因频率的改变，①正确；
②染色体变异是基因频率改变的因素之一，②正确；
③自然选择通过作用于不同表现型的个体，使种群的基因频率发生定向改变，③正确；
④隔离使不同的种群之间不能进行基因交流，可能使不同的种群的基因频率改变的方向不同，④正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因频率的变化
考点点评： 对于影响种群基因频率的因素的理解，把握知识的内在联系的能力是本题考查的重点．