解题思路：1、基因对性状的控制方式：①基因通过控制酶的合成来影响细胞代谢，进而间接控制生物的性状，如白化病、豌豆的粒形；②基因通过控制蛋白质分子结构来直接控制性状，如镰刀形细胞贫血症、囊性纤维病．
2、基因与性状的关系并不都是简单的线性关系，如图
3、基因突变是指基因中碱基对的增添、缺少或替换，导致基因结构的改变；染色体变异包括染色体结构变异和染色体数目变异，其中染色体结构变异又包括四种，即缺失、重复、易位和倒位，染色体结构变异导致基因的数目或排列顺序发生改变．
A、皱粒豌豆种子中，编码淀粉分支酶的基因被打乱，不能合成淀粉分支酶，淀粉含量低而蔗糖含量高，A正确；
B、基因通过控制酶的合成来影响细胞代谢，进而间接控制生物体的性状，如人类白化病，B错误；
C、基因与性状的关系并不都是简单的线性关系，一种性状可能会由多个基因控制，或一个基因可能会控制多个性状，C错误；
D、囊性纤维病患者中，编码一个CFTR蛋白的基因缺失了3个碱基，这种变异属于基因突变，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因、蛋白质与性状的关系．
考点点评： 本题考查基因、蛋白质与性状之间的关系、基因突变、染色体变异，要求考生识记基因、蛋白质与性状之间的关系，明确基因与性状之间不是简单的线性关系；识记基因突变的概念和染色体变异的类型，明确基因突变改变的是基因的结构，而染色体变异改变的是基因的数目或排列顺序．