生态农业系统主要由环境、生物、技术、输入和输出五个部分组成.生态农业系统是开放式的,其发展方向是为人类提供更多、更好的农产品.生态农业系统是与经济效果相联系的,可持续发展的经济效果是生态农业系统的重要标志.如：生态农业系统装备的是保护环境的技术,采用设施农业设备,利用优质高产品种,施用有机肥（种植绿肥作物、建沼气池生产沼肥、生产生物肥）和生物及生物药品防治病虫害,不使用或少使用无机物如农药、化肥.
传统农业系统是采用传统的耕作模式,以消耗自然资源和破坏生态平衡来实现产品的增产.如：农技措施是利用无机肥增产,用污染环境的农药防治病虫害；开荒毁林（毁植被）增加土地面积来实现产量的增加.