从初等几何的观点看,《几何原本》的逻辑大部分是对的,只有少数的疏忽,历史上早有人对此做过详细的评注.如果看英文版《几何原本》的现代注释本,就可以看到一些.
不过,《几何原本》中最主要的逻辑问题,是关于几何基础公理的不完备性.从现代数学的观点看,主要是数系和连续统的问题.在Hilbert的名著《几何基础》中,补全了欧几里德几何应有的公理,如连续公理（参看http://baike.baidu.com/view/481360.htm）.事实上,将Hilbert给出的欧氏几何的公理系统与《原本》中原有的公理比较,自然会看到相应的问题.
更多的评注可以参看克莱因《古今数学思想》第一卷,专门有一章讲《原本》.