解题思路：此题主要考查的是生物的进化，可结合进化树来作答．
（1）、动物类群1是哺乳类，其繁殖方式最主要的特征是胎生哺乳．植物类群3是裸子植物，能产生种子，用种子繁殖后代，适应环境的能力强，适于生活在干旱的陆地上，植物类群4是蕨类植物，不结种子，用孢子繁殖后代，属于孢子植物，孢子的生命力较低，适应能力较差，因此比种子植物低等．动物类群5是鸟类，其特有的呼吸方式是双重呼吸，提高了气体交换的效率，能为鸟类飞行提供充足的氧气．
（2）、在分类上，该进化树的两大主干代表的分类等级是植物界和动物界．
故答案为：（1）胎生哺乳；用种子繁殖；双重呼吸
（2）界
点评：
本题考点： 生物进化的历程；裸子植物的主要特征；哺乳动物的主要特征；鸟类的主要特征及其适于空中飞行的特点．
考点点评： 这部分知识是重点，在考试中经常出现，要注意熟练掌握和应用．