1）Maxam-Gilbert化学修饰法——基本原理：将末端标记的DNA用 专一性化学试剂在A,T,G,C处进行部分降解,由此得到含有各种长度的具放射性末端标记的四组片断；用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离不同长度的片断；从它的放射自显影图谱上可直接读出DNA的序列.
2）Sanger双脱氧终止法——基本原理：以待测序的DNA作为模板,在DNApol的作用下可进行DNA复制,如果在反应体系中添加双脱氧底物,则DNA复制可能发生定点随机终止,即在确定的位点随机终止复制,对这些复制的产物进行电泳可根据片断大小与末端的碱基依次排列最终得到模板DNA的序列.
3）DNA杂交测序法——基本原理：基于数学上的推测——对于一个确定长度的单链DNA,它与一组随机排列的八核苷酸探针（88）完全杂交的可能组合是12+1-8=5,根据杂交的情况可推测其序列.是一种基于DNA-chip的测序技术.