①用滴管在花生子叶薄片上滴加苏丹III染液，发现满视野都呈现橘黄色，于是滴1-2滴50%酒精而不是盐酸洗去浮色，①错误；
②取新鲜的菠菜叶，加少许SiO2和无水乙醇的作用分别是研磨充分和溶液色素，但没有加碳酸钙保护色素，所以研磨液呈黄绿色，最可能的原因是叶绿素被破坏了，②错误；
③在叶绿体的色素中，叶绿素a的含量最多，呈现蓝绿色，所以在纸层析法分离叶绿体中色素的结果中，蓝绿色带最宽，可判断为叶绿素a含量最多，③正确；
④紫色洋葱鳞片叶表皮细胞发生质壁分离复原过程中，细胞液颜色变浅是植物细胞吸水使液泡中的色素浓度变小，④错误；
⑤探究酶的高效性时，自变量是催化剂的种类，⑤错误．
故选：A．