在眼虫的细胞质内有叶绿体叶绿体的形状（如卵圆形、盘状、片状、带状、星状等）、大小、数量及其结构（有无蛋白核及副淀粉鞘）为眼虫属、种的分类特征.眼虫主要通过叶绿素在有光的条件下利用光能进行光合作用,把二氧化碳和水合成糖类,这种营养方式（与一般绿色植物相同）,称为光合营养制造的过多食物形成一些半透明的副淀粉粒储存在细胞质中.副淀粉粒与淀粉相似,是糖类的一种,但与碘作用不呈蓝紫色.副淀粉粒是眼虫类特征之一,其形状大小也是其分类的依据.在无光的条件下,眼虫也可通过体表吸收溶解于水中的有机物质.这种营养方式称为渗透营养.
所以说眼虫既算自养型又算异养型