一、分子组成不同,DNA组成为脱氧核苷酸和四种碱基组成的双螺旋序列,靠AGTC的排列构成信息,蛋白质的基本组成是氨基酸,20种氨基酸靠肽键首尾相连同样也以排列构成信息；
二、二级结构大不同,DNA为双螺旋；蛋白质的种类比较多,alpha螺旋,beta折叠等；
三、三级结构更不同,简而言之,DNA就是螺旋再螺旋,在组蛋白的帮助下一直可以螺旋成染色体,而蛋白质则是肽链的折叠再折叠,成一个立体结构,构成亚基,亚基之间再依靠二硫键或氢键相互结合,构成四级结构,实际上蛋白质其信息作用的就是它的空间立体结构,靠这种结构形成榫卯结合,实现信息传递.DNA则要起到的是延续生命和物种的目的,所以它需要在蛋白质的帮助下复制自己,同时也在蛋白质的帮助下表达出别的蛋白质,维持生命.