其实并没太大的区别.
relate to 与...相关、涉及到...；与...有关系
refer to 常有“参考”的意思
come to 涉及到...相关于...
说几个句子,会有助你理
1.It's a book 【related to】 history.
关于历史的书
2.You can 【refer to】the dictionary when you come across a new word.
参阅字典、查字典
3.how do you solve the problem when it 【come to】 morality?
道德相关的问题,深入到道德的问题
第3个句子可以换成related to,但表达效果却不如come to,come to 给人一种深度递增的感觉.但第一个却不用come to.refer to 一般作动词,查询、参考的意思.