二氧化碳是固定到有机化合物由于光合活性可用于消费或动物呼吸和异养微生物.这是下半年的碳循环图所示. 9.1 .最终产品的呼吸是二氧化碳和新的细胞群.一个有趣的问题要考虑的就是如下：如果呼吸停止,只要将如何采取光合作用使用了所有的二氧化碳水库的气氛呢?根据估计,全球光合作用,据估计,将需要30至300年.这说明的重要性双腿中的碳循环保持碳平衡.
以下各节讨论最常见的有机化合物中发现的环境和微生物分解产生的各项活动中的反应.这些措施包括有机聚合物,腐殖质,和C1化合物,如甲烷（ CH4 ） .重要的是理解的命运,这些自然发生的有机化合物.这是因为降解活动,演变为这些化合物的基础退化的途径,可能适用于有机污染物是造成环境中（见第10章） .但是,在寻找更密切的个人碳化合物,它应该指出的是,碳循环,其实是很简单的描绘图. 9.1 .这简化数字并不包括厌氧过程,这是最主要的早期地球,仍然是重要的碳循环甚至在今天.一个更为复杂的含有碳循环厌氧活动是在图所示. 9.3 .在厌氧条件下,其中占主导地位的第一数亿年地球上,某些细胞成分较少降解比别人（图9.4 ） .这是尤其如此高度降低分子,如蜂窝血脂.这些组成部分,因此留下来,埋在泥沙随着时间的推移,并成为当今化石燃料的储备.另一种生产碳化合物在厌氧条件下是甲烷.甲烷是在土壤中产生作为最终产品的无氧呼吸（见均衡器. 3.20 ,第3章） .甲烷是还制作下发现厌氧条件反刍动物如牛.