蓝藻的暴发性繁殖是水体富营养化的直接后果.水体富营养化分为天然富营养化与人为富营养化.天然富营养化是指湖泊营养物质的天然富集,需要千年甚至万年的演化过程.据说当年诸葛亮的军队就是喝了兵士所说的“绿色的河水”,中毒而兵败川南.有关研究认为,这种“绿色的河水”就是天然富营养化造成蓝藻暴发的河水,而目前出现的蓝藻暴发主要原因是人为富营养化造成的.
随着人类对环境资源的开发利用活动日益增加,工业的发展以及城市人口的高度集中,大量含有污染物质的工业废水和生活污水未经适当处理便排入水体,使水体中氨氮、磷以及有机污染物等耗氧物质浓度的升高,增加了水中的营养物质的负荷量；而为了提高农作物的产量,施用化肥逐年增加,经过雨水的冲刷和渗透,有更多的营养物质流失而进入水中,也增加了水中的营养物质的负荷量；在水产养殖方面,为达到渔业高产,一些地区采用投放饵料的方法,这也成为水体接纳氮、磷等营养物质的主要渠道.因此刘光钊认为,放出恶魔的不是别人,正是我们人类自己.
以滇池为例,作为一个半封闭的浅水湖,人为破坏已使它加速进入老年化阶段,湖面缩小了1/4,湖底抬升了60厘米,水质的置换很缓慢,湖泊的自净能力很差.滇池每年接纳了1900多家工矿企业和160多万城市人口排放的污水,其中有机污染物总量达50亿吨、重金属达332吨、总氮8900多吨、总磷 2100多吨、COD39万多吨,致使湖内严重污染和呈重度富营养化.加之昆明的气候温度和光照条件正适宜蓝藻滋生繁殖,从1985年至今,滇池年年出现蓝藻异常暴发,大量的蓝藻浮在水面,看上去就像一片绿色油漆,致使水体浑浊腥臭,水生生物大量减少,水中叶绿素平均含量高达2600毫克/立方米.滇池不但失去了原有的美学价值,而且还成为威胁人们健康的污染源.