我在做菌落培养时发现琼脂上的细菌颜色有深色和浅色

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如果您不是做纯培养,那么有可能不同颜色的细菌是不同的细菌,或者同一菌属下细菌的两个不同的种.
如果做的是纯培养,并且排除污染的可能,那么要么是菌落之间因为营养差异产生的差别,要么是菌落产生了不典型、不遗传的变异.菌落特征并不是绝对的,会有一些微小的变化.