解题思路：A．甲醛、强酸、强碱、重金属盐等物质能使蛋白质变性；
B．物理变化和化学变化的根本区别在于是否有新物质生成；
C．电子、中子的发现、扫描隧道显微镜的发明、STM技术的开发应用都是对原子结构的研究；
D．沼气的成分是甲烷．
A．氯化铵不能使蛋白质发生变性，故A错误；
B．因为石油的分馏是利用石油中各种成分沸点不同将其分离的一种方法，没有新物质生成，所以是物理变化，故B错误；
C．电子、中子的发现、扫描隧道显微镜的发明、STM技术的开发应用都是对原子结构的研究，对原子结构理论的发展做出了贡献，故C正确；
D．沼气的成分是甲烷，甲烷燃烧生成二氧化碳，有碳的排放，故D错误．
故选C．
点评：
本题考点： 氨基酸、蛋白质的结构和性质特点；物理变化与化学变化的区别与联系；化学史；常见的生活环境的污染及治理．
考点点评： 本题考查蛋白质的性质、物理变化、低碳生活等，题目难度不大，注意甲烷燃烧生成二氧化碳，有碳的排放，D为易错点．