我觉得您提出的gone的问题不是“词义”本身问题,而是“用词”方法问题.所以,如果您只关注词义的话,您的思维就被这个词给框定了.
我们知道,英语之所以难学的一个原因就是它的用词法太多了,同一个词不同的人从不同的角度去用就能得出很多“用出来”的意思（有时候可能相反）,而且多数非常简单的单词往往就是多用多义词（如go、get、make等等）.
从go的词源上来看,它本义是move along（proceed）的意思,表示“继续往前”,经过不断引申和发展才有了很多其它的意思（如leave的意思等）.
下面回答您的关于gone表示“死去”的问题
（1）“某人不在了”是表示“某人已死”的一种隐讳性说法,而且只是一种方式而已,也可以视为比喻用法,pass away（从某个地方过去了）也是完全类似的用法.由于“已死”是一个状态而不是一个动作或过程,所以应该用go的过去分词gone（注意：表示状态）,因此应该是be gone这种连接动词+表语的结构,而不是has gone这种完成式结构.
（2）因为多数人对“死”是比较忌讳的,所以老外也是如此,如果只用be gone（后面不接别的词语）则习惯性地理解为“去世,离开人世”,当然你也可以用别的说法（如pass away等）表示这一意思.结果呢,很多不明就里的人为了怕自己说错话就想当然地认为gone就表示“死”,而遇到has gone的情况就立马换个说法.其实这纯粹是误解,当某人离开且不在当前说话的位置也是可以用has gone的,比如：He has gone （out) for a walk或者He has gone home等等,唯一的区别就是最好在gone的后面交代一下具体的事项.
（3）要表示“我把书拿走了”照样可以用has gone,比如the book has gone with me when I leave my study（我离开书房的时候把书揣在身上,我离开书房的时候书也随我一起走了）
所以说,gone仅仅是go的过去分词,即使表示“消失”也仅仅是“不在眼前,不在跟前”,并不一定表示某人或某物“已死,不在人世,消失在世上”.或者说gone表示“消失在世上”仅仅是它能够表示的“一个意思,一个特例”而已（还要看语境和说话者的语气或情绪）.我们不能以偏概全或因噎废食,go的用法关键是理解其本义和各种修辞用法.