首先,这句话的意思是：如果不是因为那个闹钟,她就不会迟到了.（可能闹钟坏了.）
这句话里面的for是“因为”的意思,比较少见.
另外,这句话的前半句 had it not been for the alarm clock,是一般现在时的虚拟语气的倒装结构.如果把句子顺过来,其实就是If it hadn't been for the alarm clock...这里省略if而把虚拟动词had提前,是虚拟语气的常用形式.
再进一句,为什么后半句是wouldn't have been?这个也是和虚拟语气的整体句子结构有关.前半句虚拟语气用的是过去完成时结构,那么虚拟语气的主句就要用would+现在完成时 结构.这个是死的,语法的东西,要记住了.