（1）在A装置中，1号种子和2号种子相比，所处环境的不同点是水（1号种子在空气中无水，2号种子在水面上有一定的水）；2号种子和3号种子相比，所处环境的不同点是空气（2号种子在水面上有充足的空气，3号种子没在水中，种子与空气不接触，没有空气）．
（2）A装置与B装置中相同位置的种子相比，所处环境的不同点是温度（A装置在20℃，B装置在0℃）．
（3）六粒种子中，能萌发的只有2号种子，因为只有它满足了种子萌发的外界条件：一定的水、充足的空气、适宜的温度
（4）菜豆种子萌发时，营养物质储存在子叶中，当其萌发时，种子吸水，贮藏在子叶内的营养物质逐步分解，输送到胚的胚轴、胚根和胚芽，由胚根发育成根的主根，胚轴发育成连接茎和根的部分，胚芽发育成茎和叶．根部吸收水分和无机盐的主要部位是根尖的成熟区．
（5）对照实验：在探究某种条件对研究对象的影响时，对研究对象进行的除了该条件不同以外，其他条件都相同的实验．根据变量设置一组对照实验，使实验结果具有说服力．一般来说，对实验变量进行处理的，就是实验组．没有处理是的就是对照组．在A装置中，1号种子和2号种子相比，唯一不同的变量是水（1号种子在空气中无水，2号种子在水面上有一定的水）；2号种子和3号种子相比，唯一不同的变量是空气（2号种子在水面上有充足的空气，3号种子浸没在水中，种子与空气不接触，没有空气）．因此，与2形成对照的是1、3，变量分别是水、空气．
故答案为：
（1）水；空气
（2）温度
（3）2号；一定的水、充足的空气、适宜的温度
（4）子叶；胚根；根尖的成熟区；
（5）1、3；水、空气．