解题思路：本题是对酶的概念和本质、酶的作用原理和作用特点、还原糖的检测方法的综合性考查，回忆相关知识点，然后分析选项进行解答．
解；A、酶促反应的原理是酶能降低化学反应的活化能，A错误；
B、酶的本质是蛋白质或RNA，因此酶水解的产物是氨基酸或核糖核苷酸，B错误；
C、如果S是麦芽糖，麦芽糖和其水解产物葡萄糖都是还原糖，因此，不能用斐林试剂来检测P的生成情况，C错误；
D、如果S是二肽，则酶E是肽酶、二肽水解的产物P是氨基酸，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 酶促反应的原理．
考点点评： 对酶的概念和本质、酶的作用原理和作用特点、还原糖的检测方法的掌握并形成知识点的内在联系是解题的关键．