解题思路：除病毒以外，细胞是生物体结构和功能的基本单位，生物学家根据生物之间的相似程度，把它们分成不同的等级，生物的分类单位从大到小依次以界、门、纲、目、科、属、种，生物所属的等级越大，生物之间的亲缘关系越远，共同特征越少；生物所属的等级越小，生物的亲缘关系越近，共同特征越多．据此解答．
A、蓝藻是单细胞生物，没有细胞核，但细胞中央含有核物质，通常呈颗粒状或网状，染色质和色素均匀的分布在细胞质中、衣藻为单细胞植物、黑藻属单子叶多年生沉水植物．细胞结构的相似度低
B、酵母菌属于真菌、噬菌体属于病毒、大肠杆菌属于细菌，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．
C、草履虫属于原生动物、蛔虫属于动物、冬虫草属于植物与菌类结合体，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．
D、水稻、水绵、水杉都属于植物门，亲缘关系较近，共同特征较多，细胞的相似度高．符合题意．
故选：D
点评：
本题考点： 生物的分类及分类单位；细胞是生命活动的基本结构和功能单位．
考点点评： 这部分内容在考试中时常出现，注意理解和掌握，并能灵活答题．