解题思路：DNA分子结构的主要特点：DNA是由两条反向平行的脱氧核苷酸长链盘旋而成的双螺旋结构；DNA的外侧由脱氧核糖和磷酸交替连接构成的基本骨架，内侧是碱基通过氢键连接形成的碱基对，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则（A-T、C-G）．
A、DNA的基本组成单位是四种脱氧核苷酸，因此每个双链DNA分子最多含有四种脱氧核苷酸，A正确；
B、碱基分子只与脱氧核糖相连，不与磷酸相连，B错误；
C、DNA的基本组成单位是脱氧核苷酸，一分子脱氧核苷酸由一分子磷酸、一分子脱氧核糖和一分子含氮碱基组成，因此每个DNA分子中碱基数=磷酸数=脱氧核糖数，C正确；
D、双链DNA分子中，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，因此一段双链DNA分子中若有40个胞嘧啶，就会同时含有40个鸟嘌呤，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点．
考点点评： 本题知识点简单，考查DNA分子结构的主要特点，要求考生识记DNA分子结构的主要特点，掌握碱基互补配对原则，能结合所学的知识准确判断各选项，属于考纲识记层次的考查．