解题思路：1、健那绿是专一性染线粒体的活细胞染料．
2、在“观察DNA和RNA在细胞中的分布”实验中：（1）用质量分数为0.9%的NaCl溶液保持细胞原有的形态；（2）用质量分数为8%的盐酸改变细胞膜的通透性，加速染色剂进入细胞，将染色体上的DNA和蛋白质分离，便于染色剂与DNA结合；（3）用吡罗红-甲基绿染色剂对DNA和RNA进行染色．
3、低温诱导染色体数目加倍实验的原理：低温能抑制纺锤体的形成，使子染色体不能移向细胞两极，从而引起细胞内染色体数目加倍．该实验采用的试剂有卡诺氏液（固定）、改良苯酚品红染液（染色），体积分数为15%的盐酸溶液和体积分数为95%的酒精溶液（解离）．
A、健那绿是专一性染线粒体的活细胞染料，因此用健那绿染色时，要保持细胞活性，A错误；
B、探究培养液中酵母菌种群数量随时间变化的实验中不需要另外设置对照实验，因为实验前后自身形成对照，B错误；
C、观察DNA和RNA在细胞中的分布的实验中，使用盐酸进行了水解，C错误；
D、有丝分裂中期，细胞中染色体形态稳定，数目清晰是观察染色体形态和数目的最佳时期，因此观察低温诱导染色体数目的变化时，最好选择处于分裂中期的正常细胞和变异细胞进行观察比较，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 低温诱导染色体加倍实验；DNA、RNA在细胞中的分布实验；观察线粒体和叶绿体；探究培养液中酵母种群数量的动态变化．
考点点评： 本题考查观察线粒体实验、探究培养液中酵母菌种群数量随时间变化、观察DNA和RNA在细胞中的分布、低温诱导染色体数目变化实验，对于此类试题，需要考生注意的细节较多，如实验的原理、实验选择的材料、实验采用的试剂及试剂的作用等，需要考生在平时的学习过程中注意积累．