从细胞中提取出来的生物大分子是不纯净的,必须进一步分离纯化才能获得纯品.在生物大分子制备工作中,分离纯化是比较复杂和重要的一个环节.
对于异类的物质,如提纯蛋白质和酶时混杂着核酸,提纯核酸时混杂着蛋白质或多糖,一般可用专一性酶水解、有机溶剂抽提、选择性分部沉淀等方法处理,小分子物质常在整个制备过程中多次液相与固相互相转化被分离或最后用透析方法除去.
而对同类物质,如酶和杂蛋白,RNA和DNA以及不同结构的蛋白质、酶、核酸之间的分离,情况则复杂得多,主要应用的方法有盐析法、有机溶剂沉淀法、等电点沉淀法、吸附法、结晶法、电泳法、超速离心法、柱层析法等.其中盐析法、等电点法、结晶法用于蛋白、酶的提纯较多；有机溶剂抽提和沉淀用于核酸提纯较多；柱层析法、梯度离心法在蛋白质和核酸的提纯工作中应用均十分广泛.