解题思路：分析题图：目的基因左侧有限制酶NheⅠ和AluⅠ的识别序列，右侧有限制酶NheⅠ和SmaⅠ的识别序列，若仅用限制酶NheⅠ，能获取目的基因，但可能会导致自身环化或于运载体反向连接；若选用限制酶NheⅠ和AluⅠ，可能获取的是不含目的基因的DNA片段；因此最后选用限制酶NheⅠ和SmaⅠ来切割．
A、目的基因只有一侧含有限制酶NheⅠ的识别序列，用此酶不能获取目的基因，A错误；
B、目的基因两侧含有限制酶AluⅠ的识别序列，但只用此酶切割可能会导致目的基因和质粒反向连接或自身环化，B错误；
C、目的基因两侧含有限制酶NheⅠ和AluⅠ的识别序列，但用这两种酶切割可能会获得不含目的基因的片段，C错误；
D、目的基因两侧含有限制酶NheⅠ和SmaⅠ的识别序列，用这两种酶切割会获取目的基因，而且能防止目的基因和质粒的自身环化和反向连接，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术．
考点点评： 本题结合图解，考查基因工程的相关知识，要求考生识记基因工程的原理、使用工具及操作步骤，能分析目的基因两侧限制酶的分布情况，并能据此选出最合适的运载体，属于考纲理解层次的考查．