解题思路：1、组成蛋白质的氨基酸的结构简式是C2H4O2NR，结构特点是至少含有1个氨基和1个羧基，且都有一个氨基和一个羧基连接在同一个碳原子上；
2、氨基酸脱水缩合反应过程中，脱去的水分子数=氨基酸数目-肽链数；
3、蛋白质中的氧原子数=氨基酸中氧原子数之和-脱去的水分子的氧原子之和．
由题意知，100个氨基酸含有羧基总数是101个，因此氨基酸中氧原子总数是202个，100个氨基酸脱水缩合反应形成2条肽链的过程中脱去了100-2=98分子水，因此这些氨基酸合成的含有2条肽链的蛋白质中含有氧原子的数目是：202-98=104．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 对于组成蛋白质的氨基酸的结构特点和氨基酸脱水缩合反应过程的理解，并应用原子守恒进行计算的能力是解题的关键．