解题思路：遗传方式的判断：根据遗传系谱图推测，“无中生有”是隐性，“无”指的是父母均不患病，“有”指的是子代中有患病个体；隐性遗传看女病，后代女儿患病父亲正常的话是常染色体遗传．“有中生无”是显性，“有”指的是父母患病，“无”指的是后代中有正常个体；显性遗传看男病，儿子正常母亲患病为常染色体遗传，母女都患病为伴X染色体遗传．母亲和女儿都正常，遗传病只在男子之间遗传的话，极有可能是伴Y染色体遗传．细胞质遗传的特点是母系遗传，即子代总是和母体性状相同．
A、残翅雌果蝇与长翅雄果蝇杂交，若F1代无论雌雄都是长翅，说明长翅为显性，假设该基因位于X染色体上，则后代雌雄蝇性状不同，故说明相关基因在常染色体上，A正确；
B、若相关基因存在细胞质中，则后代性状总和母体性状相同，B错误；
C、F1代无论雌雄都是红眼说明红眼为显性，由于亲代为红眼雌果蝇与白眼雄果蝇，无论常染色体还是伴X遗传，后代结果相同，故无法判断是常染色体还是伴X遗传，C错误；
D、通过实验证明，基因在染色体上呈线性排列，并非等位基因，等位基因位于同源染色体上，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因与DNA的关系．
考点点评： 本题的知识点是判断遗传病的类型，分析遗传病的致病机理，主要考查学生分析遗传系谱图的能力和运用所学的知识综合解题的能力．