解题思路：此题可以从基因在染色体上，染色体、DNA、基因的关系，基因的显性与隐性，以及变异的原因方面来分析解答．
A、染色体在体细胞内成对存在，基因位于染色体上，因此基因也是成对存在的．故此选项是正确的；
B、生物体的某些性状是由一对基因控制的：当细胞内控制某种性状的一对基因都是显性基因时，生物体表现出显性基因控制的性状；当细胞内控制某种性状的一对基因一个是显性、一个是隐性时，生物体表现出显性基因控制的性状；当控制某种性状的基因都是隐性时，隐性基因控制的性状才会表现出来．因此控制其性状的一对基因，只要有显性基因，该生物就表现出显性性状．故此选项是正确的；
C、细胞核中能被碱性染料染成深色的物质称做染色体，它是由DNA和蛋白质两种物质组成的，DNA是主要的遗传物质，呈双螺旋结构．一条染色体上有一个DNA分子．一个DNA分子上有许多个基因，基因是具有特定遗传信息的DNA片段．故此选项是正确的；
D、可遗传的变异是由遗传物质改变引起的，可以遗传给后代；由环境改变引起的变异，是不遗传的变异，不能遗传给后代．转基因生物性状都是遗传物质改变引起的，可以遗传给后代，是可遗传的变异．故此选项是不正确的．
故选D
点评：
本题考点： 基因的显性和隐性以及它们与性状表现之间的关系；染色体、DNA和基因的关系；生物的变异．
考点点评： 解答此类题目的关键是灵活运用所学知识解释实际问题．