植物病毒的RNA提取：
大多植物病毒RNA为单链RNA,并且其极性与mRNA极性相同,植物病毒RNA提取较为简单,一般使用酚氯仿即可获得满意结果.
一、材料
提纯TMV病毒液（10mg/ml）.
二、设备
冷冻台式离心机,低温真空干燥仪,电泳仪,电泳槽.
三、试剂
TE-饱和酚:氯仿（1:1）,氯仿,3M NaAc(pH5.2),乙醇(100%和70%),TE缓冲液,无RNA酶的双菌水.
四、操作步骤
1、取一eppendorf管加入提纯TMV（10mg/ml)400ml,再加入等体积酚/氯仿,盖紧管盖后用手充分振荡1分钟,4℃下12000g离心10分钟.
2、吸取水相于一新eppendorf管,再用酚/氯仿抽提,直至水相和有机相交界面无蛋白为止.
3、吸取水相于新eppendorf心管,加入等体积氯仿,用手倒置离心管数十秒,4℃下12000g离心10分钟.
4、取水相,加入1/10倍体积的3mol/L NaAc(pH5.2),2.5倍体积的冰冷乙醇,混匀,-20℃30分钟.
5、4℃下12000g离心15分钟,小心弃去上清液,用70%乙醇洗涤沉淀,4℃下12000g离心5分钟.
6、小心弃去上清液,沉淀真空干燥5分钟或空气干燥10分钟,并溶于无RNA酶的双菌水或TE缓冲液中.
7、取10ml进行电泳分析,另10ml用于cDNA合成.
[注意] 1、整个操作应尽可能在低温下进行.
2、由于病毒RNA镶嵌于外壳蛋白里面,因此要充分剥去病毒外壳蛋白,一般需要多次进行酚/氯仿的抽提.
动植物组织mRNA提取：
一、材料
水稻叶片或小鼠肝组织.
二、设备
研钵,冷冻台式高速离心机,低温冰箱,冷冻真空干燥器,紫外检测仪,电泳仪,电泳槽.
三、试剂
1、无RNA酶灭菌水：用将高温烘烤的玻璃瓶（180℃ 2小时）装蒸馏水,然后加入0.01%的DEPC（体积/体积）,处理过夜后高压灭菌.
2、75%乙醇：用DEPC处理水配制75%乙醇,（用高温灭菌器皿配制）,然后装入高温烘烤的玻璃瓶中,存放于低温冰箱.
3、1×层析柱加样缓冲液；20mmol/L Tris·Cl(pH7.6),0.5mol/L NaCl,1mmol/L EDTA(pH8.0),0.1% SDS.
4、洗脱缓冲液：10mmol/L Tris·Cl (pH7.6),1mmol/L EDTA (pH8.0),0.05% SDS.
四、操作步骤
（一）动植物总RNA提取-Trizol法
Trizol法适用于人类、动物、植物、微生物的组织或培养细菌,样品量从几十毫克至几克.用Trizol法提取的总RNA绝无蛋白和DNA污染.RNA可直接用于Northern斑点分析,斑点杂交, Poly(A)+分离,体外翻译,RNase封阻分析和分子克隆.
1、将组织在液N中磨成粉末后,再以50-100mg组织加入1ml Trizol液研磨,注意样品总体积不能超过所用Trizol体积的10%.
2、研磨液室温放置5分钟,然后以每1mlTrizol液加入0.2ml的比例加入氯仿,盖紧离心管,用手剧烈摇荡离心管15秒.
3、取上层水相于一新的离心管,按每mlTrizol液加0.5ml异丙醇的比例加入异丙醇,室温放置10分钟,12000g离心10分钟.
4、弃去上清液,按每ml Trizol液加入至少1ml的比例加入75%乙醇,涡旋混匀,4℃下7500g离心5分钟.
5、小心弃去上清液,然后室温或真空干燥5-10分钟,注意不要干燥过分,否则会降低RNA的溶解度.然后将RNA溶于水中,必要时可55℃-60℃水溶 10分钟.RNA可进行mRNA分离,或贮存于70%乙醇并保存于-70℃.
[注意] 1、整个操作要带口罩及一次性手套,并尽可能在低温下操作.
2、加氯仿前的匀浆液可在-70℃保存一个月以上,RNA沉淀在70%乙醇中可在4℃保存一周,-20℃保存一年.
（二）mRNA提取
由于mRNA末端含有多poly(A)+,当总RNA流径oligo(dT)纤维素时,在高盐缓冲液作用下,mRNA被特异的吸附在oligo(dT)纤维素柱上,在低盐浓度或蒸馏水中,mRNA可被洗下,经过两次oligo(dT) 纤维素柱,可得到较纯的mRNA.
1、用0.1mol/L NaOH悬浮0.5-1.0g oligo(dT)纤维素.
2、将悬浮液装入灭菌的一次性层析柱中或装入填有经DEPC处理并经高压灭菌的玻璃棉的巴斯德吸管中,柱床体积为0.5-1.0ml,用3倍柱床体积的灭菌水冲洗柱床.
3、用1x柱层析加样缓冲液冲洗柱床,直到流出液的pH值小于8.0.
4、将（一）中提取的RNA液于65℃温育5分钟后迅速冷却至室温,加入等体积2x柱层析缓冲液,上样,立即用灭菌试管收集洗出液,当所有RNA溶液进入柱床后,加入1倍柱床体积的1x层析柱加样溶液.
5、测定每一管的OD260,当洗出液中OD为0时,加入2-3倍柱床体积的灭菌洗脱缓冲液,以1/3至1/2柱床体积分管收集洗脱液.
6、测定OD260,合并含有RNA的洗脱组分.
7、加入1/10体积的3M NaAc(pH5.2), 2.5倍体积的冰冷乙醇, 混匀, -20℃30分钟.
8、4℃下12000g离心15分钟,小心弃去上清液,用70%乙醇洗 涤沉淀,4℃下12000g离心5分钟.
9、小心弃去上清液,沉淀空气干燥10分钟,或真空干燥10分钟.
10、用少量水溶解RNA液,即可用于cDNA合成（或保存在70%乙醇中并贮存于-70℃）.
[注意] 1、mRNA在70%乙醇中-70℃可保存一年以上.
2、oligo(dT)纤维素柱用后可用0.3mol/l NaOH洗净,然后用层析柱加样缓冲液平衡,并加入0.02%叠氮钠（NaN3）冰箱保存,重复使用.每次用前需用NaOH水层析柱加样缓冲液依次淋洗柱床.
兔肝RNA的制备：
实验目的
1.学习从兔肝中提取RNA的方法.
2.通过地衣酚显色法测定RNA的含量.
实验原理
细胞内大部份RNA均与蛋白质结合在一起,并且多以核蛋白的形式存在.因此,分离制备RNA时,首先遇到的是必须使RNA与蛋白解离,并除去蛋白质.由于RNA的种类来源和存在形式不同,所用的制备方法各异,一般常用的方法有,盐酸胍法,去污剂法和苯酚法.其中,以苯酚法使用较为广泛.产品纯度高,适合小规模生产.
动物组织中以肝脏器官RNA含量较为丰富.经组织匀浆用苯酚处理并离心后RNA溶于上层被酚饱和的水相中,DNA和蛋白质则留在酚层中,向水层中加入乙醇后,RNA即以白色絮状沉淀析出.此法能较好的除去DNA和蛋白质.上述方法提取的的RNA具有生物活性.工业上常用稀碱法和浓盐法提取RNA；其工艺简单,所提取的核酸均为变性RNA,只能用作制备核苷酸原料.本实验就是将兔肝组织,在酚与十二烷基硫酸钠的存在下,RNA与蛋白质分离使蛋白质变性凝固.RNA溶解在水相中,用乙醇使RNA从水相中沉淀,达到分离.
RNA含量的测定,除了可用紫外吸收法及定磷法外,常用地衣酚法测定,其反应原理是当RNA与浓盐酸共热时,即发生降解,形成的核糖继而转变成糠醛,后者与3, 5-二羟甲苯（地衣酚orcinol)反应,在Fe3+或Cu2+催化下,生成鲜绿色的复合物．反应产物在670nm处有最大吸收.RNA在20－250微克范围内,光吸收与RNA浓度 成正比.地衣酚反应特异性较差,凡是戊糖均有此反应.DNA和其他杂质也能给出类似的颜色.
实验试剂
0.05mol/L醋酸缓冲液（PH5.0）
0.05mol/L醋酸钠35毫升, 0.2mol/L醋酸15毫升,加蒸馏水至1000毫升,混合后测PH5.0
25%SDS:称取SDS25克,溶于50％乙醇中至100毫升,室温存放.
80％酚：取苯酚80份,加蒸馏水20份,混匀后装棕色瓶中.
2mol/L醋酸钠：取无水醋酸钠16.4克,用蒸馏水溶解后配成100毫升
95％乙醇
RNA标准溶液：取酵母标准RNA配成100μg/ml溶液.
样品待测液：准确稀释成每毫升溶液含RNA干燥制品50-100μg.
地衣酚试剂：先配制0.1%三氯化铁的浓盐酸溶液,实验前以此溶液为溶剂配成0.1%地衣酚溶液.
操作步骤
RNA提取：将新鲜兔肝浸入预冷0度0.05mol/L醋酸钠缓冲液(PH5.0)中,除去肝脏处的结缔组织,除去血凝,用滤纸吸干,称取0.9克.
取0.9克肝脏,加入 0.05mol/L醋酸缓冲液(PH5.0)9毫升,250克/升.SDS1.5毫升,移入匀浆管中,匀浆后再加入等体积80%酚,再匀浆一次.
移入三角瓶中,置65度水浴中继续振摇5-8分,取出流水冷却.
离心,3000转/分,10-15分,上层为稍混浊,含有RNA的水相,中层为变性蛋白,下层为酚液,管底残渣,含有RNA.吸出上层水溶液要RNA的收获量,可向中下层液中再加1/2体积的醋酸缓冲液,同样在65度水浴中振摇提取一次,离心后所收得的上层水液,可与上述水液合并,本次实验只提取一次.
用量筒测水液的量,加入1/10体积的2mol/L醋酸钠混匀.再加入2.5倍体积预冷的95%乙醇混匀,冷却放置絮状沉淀充分形成.
离心3000转/分,10分钟,倾出上清(不要废弃,可倒入收集瓶,作蒸馏回收乙醇用.
沉淀用蒸馏水4毫升溶解,慢慢向沉淀中加入蒸馏水,不断搅拌,至沉淀完全溶解即可,待作含量测定.