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蓝细菌(Cyanobacteria)旧名蓝藻或蓝绿藻,是一类进化历史悠久、革兰氏染色阴性、无鞭毛、含叶绿素a（但不形成叶绿体）、能进行产氧性光合作用的大型原核微生物.
蓝细菌是古老的生物,在50亿年前,地球本是无氧的环境,使地球由无氧环境转化为有氧环境是由于蓝细菌出现并产氧所致.人们从前寒武纪地壳中发现大量由蓝细菌（如螺旋藻）生长形成的化石化的叠层岩（约30亿年）中得到证实.
蓝细菌在植物学和藻类学中被分类为蓝藻门.由于它的细胞结构简单,只具原始核,没有核膜和核仁,只有染色质,只具叶绿素,没有叶绿体.故将它隶属于原核生物界的蓝光合菌门,这一门的细菌叫蓝细菌.它对于研究生物进化有重要意义.