解题思路：酶是活细胞产生的具有生物催化能力的有机物，大多数是蛋白质，少数是RNA；酶的催化具有高效性（酶的催化效率远远高于无机催化剂）、专一性（一种酶只能催化一种或一类化学反应的进行）、需要适宜的温度和pH值（在最适条件下，酶的催化活性是最高的，低温可以抑制酶的活性，随着温度升高，酶的活性可以逐渐恢复，高温、过酸、过碱可以使酶的空间结构发生改变，使酶永久性的失活），据此分析解答．
A、蛋白酶处理以后，甲酶的活性没有变化，甲酶的本质很可能是RNA，基本组成单位是核糖核苷酸，A错误；
B、酶的活性都要受到温度和pH值的影响，B错误；
C、乙酶的本质是蛋白质，但是催化的底物不一定是蛋白质，C错误；
D、乙酶的本质是蛋白质，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 酶的特性．
考点点评： 此题主要考查酶的概念以及酶的特性，意在考查学生对基础知识的理解掌握，难度适中．