首先加入溶液1,：改变细胞膜的通透性.
加入溶液2：使细胞裂解,释放出质粒DNA和染色体DNA,在碱性条件下,破坏碱基配对,使这两种DNA都变性.
加入溶液3：使DNA分子复性.此时,线状染色体DNA的两条链已经全部分开,不会再复合.而质粒DNA,由于处于拓扑缠绕状态而彼此不分开,你可以想象一下,两个环分开之后也是环环相套的情况.所以质粒DNA能够很快的找到自己相对应的那条链,因此在最适条件下,便可复性.
此时,已经完全分开的线状染色体DNA交联形成不溶于水的线团结构,缠绕附着在细胞壁碎片上,通过离心可去除.
而质粒DNA则留在上清中,通过异丙醇沉淀以及70%乙醇洗涤后便可得到.