分子是独立存在而保持物质化学性质的最小粒子.
分子有一定的大小和质量；分子间有一定的间隔；分子在不停的运动；分子间有一定的作用力.
同种分子性质相同,不同种分子性质不同.最小的分子是氢分子,其相对分子质量为2,大的分子其相对分子质量可高达几百万以上.相对分子质量在数千以上的分子叫做高分子.
原子是人类最经典的、使用最为广泛的基本假设.原子的假设,可用来精确的解释物理学中力学、热力学、光学、量子力学、统计力学等等几乎物理方方面面的问题,以及同为自然科学的生物学（用物理学家的眼光看,一切生物过程都是原子的运动）、化学（化学可以使用量子力学等解释）等等,在未来,或许会延伸到各个学科.
原子的假设建立时是基于人类直观的感觉-物质的粒子性.但在物质波动性上也可以神奇地找到它的影子.也许就是因为原子的假设,使物理学有现在这样辉煌的成果.
原子可看作地球一样大的体育馆里的一颗乒乓球（原子半径的数量级在10的-10次方）,研究原子的方法也好比在这个体育馆里放置10的23次方以上的乒乓球,并且让这些球不停地跳动起来.