就以慢病毒为例.
包装好的病毒只含有结构质粒5'LTR和3'LTR之间的RNA序列.
多质粒系统指的是慢病毒的包装系统,就三质粒（包装质粒、包膜蛋白质粒、转移质粒）包装系统来说,病毒包装必需的3个蛋白Gag/Pol、Rev、VSV-G分别放置在不同的质粒上,且互相之间没有任何同源序列,就是为了不使其进行重组.
所以包装蛋白的RNA是不进入包装完成的病毒的.包装出来的病毒也不具备增殖能力.
只有结构质粒含有5'LTR和3'LTR,可以重组入宿主细胞基因组,但重组效率不到包装完成后病毒的重组效率的十分之一.