解题思路：分子和原子的本质区别是在化学变化中，分子可以分成原子，而原子不能再分；分子和原子的联系是：分子和原子都可以直接构成物质，而且一切分子都是由原子构成的；
原子是由原子核和核外电子组成的，据此解答．
A、分子和原子之间都有一定的间隔，故A正确；
B、相同原子构成的分子不一定相同，例如氧气和臭氧，故B错误；
C、分子质量不一定大于原子质量，例如氢分子的质量小于氧原子的质量，故C错误；
D、化学变化中分子的数量不一定发生变化，例如CH4+2O2
点燃
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CO2+2H2O，故D错误；
故选：A．
点评：
本题考点： 分子的定义与分子的特性；原子的定义与构成．
考点点评： 本题难度不大，主要考查了分子和原子的本质区别和联系，从而培养学生对知识的理解和应用．