工业化蛋白质纯化的方法选择,要考虑如下因素,不能一概而论：目的和纯化目标：是食用、保健、还是药用?是人用还是兽用?原料来源是人源还是重组?若是人用药物,还要考虑是口服还是注射?注射剂量如何?产品的用途、来源不同,生物安全性要求不同,对于杂质种类、纯度的要求不同,所以,其工艺的选择就会不同；成本：很显然,在满足纯化目的和纯化指标的情况下,工业纯化考虑的就是规模、成本,都能满足需求的工艺,自然会选择时间成本和经济成本最优的工艺.
对于工业蛋白纯化,一般而言：
工业原料用：硫酸铵沉淀、冷乙醇沉淀等方法,经济,快速,工艺简单,纯度相对较低,杂质去除率也较低；兽用医药：上述沉淀法,再结合微滤、超滤或者一步蛋白层析等工艺；人用生物药：如单抗药,对于纯度要求极高,多在99%以上,大多采用多步（2-3步）蛋白层析工艺来纯化.
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