林奈在生物学中的最主要的成果是建立了人为分类体系和双名制命名法.在他看来："知识的第一步,就是要了解事物本身.这意味着对客观事物要具有确切的理解；通过有条理的分类和确切的命名,我们可以区分开认识客观物体……分类和命名是科学的基础."《自然系统》一书是林奈人为分类体系的代表作.在林奈以前,由于没有一个统一的命名法则,各国学者都按自己的一套工作方法命名植物,致使植物学研究困难重重.其困难主要表现在三个方面：一是命名上出现的同物异名、异物同名的混乱现象；二是植物学名冗长；三是语言、文字上的隔阂.林奈依雄蕊和雌蕊的类型、大小、数量及相互排列等特征,将植物分为24纲、116目、1000多个属和10 000多个种.纲、目、属、种的分类概念是林奈的首创.林奈用拉丁文定植物学名,统一了术语,促进了交流.他采用双名制命名法,即植物的常用名由两部分组成,前者为属名,要求用名词；后者为种名,要求用形容词.例如,银杏树学名为GINKGO BILOBA L.,GIKGO是属名,是名词；biloba是种名,是形容词；第三个字母,则是定名者姓氏的缩写,L为林奈（linne）的缩写.结合命名,林奈规定学名必须简化,以12个字为限,这就使资料清楚,便于整理,有利于交流.林奈的植物分类方法和双名制被各国生物学家所接受,植物王国的混乱局面也因此被他调理得井然有序.他的工作促进了植物学的发展,林奈是近代植物分类学的奠基人.
林奈能取得这些成就,是因为他对植物的特殊感情和好学精神,具有广博的经历以及有利的学习、深造条件等,还在于他重视前人的工作,虚心取人之长并加以发展.如在1729年,林奈读到法国植物学家维朗特着的《花草的结构》一书,受到启发,他根据植物的雌蕊和雄蕊的数目进行植物分类.再如,古希腊时的亚里士多德建立的动、植物命名法规已经具有双名制的萌芽,只是到了林奈才将双名制完善和推广.
林奈的最大功绩是把前人的全部动植物知识系统化,摒弃了人为的按时间顺序的分类法,选择了自然分类方法.他创造性地提出双名命名法,包括了8800多个种,可以说达到了“无所不包”的程度,被人们成为万有分类法,这一伟大成就使林奈成为18世纪最杰出的科学家之一.