解题思路：该豌豆种群中，甲性状占50%，乙性状也占50%，甲、乙两种性状的个体分别自交，发现50%乙性状的子代表现出甲性状，而甲性状的子代未发现乙性状，说明甲性状相对于乙性状为隐性性状（用A、a表示），且乙性状个体中又有50%的个体为杂合子，所以该种群中基因型为aa的个体占50%、基因型为Aa的个体占25%、基因型为AA的个体占25%．据此答题．
A、乙性状个体自交，有50%该性状的子代表现出甲性状，说明甲性状相对于乙性状为隐性，A正确；
B、乙性状个体自交，子代中出现甲性状个体的现象属于性状分离，B正确；
C、采用样方法调查这两种性状所占比例，可推断出aa的基因型比例，但不能推断出Aa或AA的基因型的比例，C错误；
D、由以上分子可知该种群中基因型为aa的个体占50%，基因型为Aa的个体占25%，基因型为AA的个体占25%，由此可以计算出甲性状（a）的基因频率=aa的基因型频率+
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2×Aa的基因型频率=62.5，则乙性状（A）的基因频率为37.5，即甲性状的基因频率高于乙性状的基因频率，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 性状的显、隐性关系及基因型、表现型；基因的分离规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因分离定律的实质及应用，要求考生掌握基因分离定律的实质，能根据题干信息推断出甲、乙性状的显隐性关系，能根据题干中的数据计算出该种群中各种基因型的频率及甲、乙性状的基因频率．