解题思路：生态农业是以生态学理论为指导，运用系统工程的方法，以合理利用自然资源与保护良好的生态环境为前提，组织建立的新型人工生态系统，据此分析解答．
生态农业是以生态学理论为指导，运用系统工程的方法，以合理利用自然资源与保护良好的生态环境为前提，组织建立的新型人工生态系统，因此生态农业生态系统中结构协调、合理种养，具有良好的食物链和食物网，内部良性循环，使能量持续高效地流向对人类最有益的部分．
A、生态农业以保护良好的生态环境为前提，因此有利于保护生态系统，A正确．
B、生态农业具有良好的食物链和食物网，内部良性循环，使能量得以循环利用，B正确．
C、生态农业是运用系统工程的方法，以合理利用自然资源为前提，能使资源得到持续的利用，C正确．
D、生态农业能合理利用资源、保护生态，但提高生态农业系统的生产率不明显．D错误．
故选：D
点评：
本题考点： 生态农业．
考点点评： 解答此题的关键是熟练掌握生态农业的概念和意义．