解题思路：群落垂直结构：在垂直方向上，大多数群落具有明显的分层现象（主要受阳光的影响）；群落水平结构：由于地形的变化、土壤湿度和盐碱的差异、光照强度的不同等因素，不同地段往往分布着不同的种群，同一地段上种群密度也有差异．
初生演替：是指一个从来没有被植物覆盖的地面，或者是原来存在过植被，但是被彻底消灭了的地方发生的演替；初生演替的一般过程是裸岩阶段→地衣阶段→苔藓阶段→草本植物阶段→灌木阶段→森林阶段，
次生演替：原来有的植被虽然已经不存在，但是原来有的土壤基本保留，甚至还保留有植物的种子和其他繁殖体的地方发生的演替．
A、“稻→萍→鱼”空间立体养殖体现了群落的垂直结构，可充分利用空间和资源，故A错误；
B、生态农业是按照自然规律设计的，提高了生态系统的能量利用效率，但不能提高能量传递效率，故B错误；
C、弃耕后的稻田发生的是次生演替，次生演替的一般过程是草本植物阶段→灌木阶段→森林阶段，因此一般森林是群落演替的顶级群落，故C错误；
D、放鱼的数量与萍的生长量相匹配，如超过环境承载力，则鱼的种群数量会减少，故D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 农林牧副鱼一体化生态工程．
考点点评： 本题以“稻→萍→鱼”立体农业为素材，考查群落的结构、群落演替、种群数量变化和能量流动等相关知识，意在考查学生理论联系实际的能力．