解题思路：共同进化指不同物种之间或生物与无机环境之间，在相互影响中不断进化和发展．生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性．
A、生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性，A正确；
B、物种之间的共同进化是通过不同物种之间或生物与无机环境之间的生存斗争实现的，B错误；
C、一个区域的物种数量增加不一定会导致该区域生态系统的稳定性增强，如过度放牧，C错误；
D、二倍体植物用秋水仙素处理形成四倍体，二倍体与四倍体杂交生成三倍体，三倍体不可育，所以二者之间存在生殖隔离，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；物种的概念与形成．
考点点评： 本题考查生物进化与物种形成的相关知识．意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．