解题思路：现代进化理论的基本内容是：①进化是以种群为基本单位，进化的实质是种群的基因频率的改变．②突变和基因重组产生进化的原材料．③自然选择决定生物进化的方向．④隔离导致物种形成．
A、基因突变是不定向的，A错误；
B、基因突变具有低频性，但能形成新基因，为生物进化提供了最初的原材料，B正确；
C、物种大都是经过长期的地理隔离，最后出现生殖隔离而形成的，C错误；
D、不同的物种之间、生物与无机环境之间都存在相互影响，所以一个物种的形成或绝灭，会影响到其他物种的进化，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因频率的变化；物种的概念与形成．
考点点评： 本题考查生物进化知识，理解现代生物理论内容和物种的形成过程是解题原关键．