Question

细菌16s rdna测序后怎么比对和构建系统发育树,老师不管我们了

Answer 1

有很多方法,可以下载软件也可以在线构建.

在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下.

软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗.

推荐用Clustal X软件进行同源性比对后,运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并绘制系统发育树,也很简单,看看说明就会.

比较公认的严谨的是philip系列软件,但操作复杂.