解题思路：1、基因突变是DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变；意义能产生新的基因，生物变异的根本来源，为生物进化提供原材料．
2、基因重组是生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合．
3、染色体变异包括染色体结构、数目的改变．
A、基因突变是指基因结构中碱基对的替换、增添和缺失，而引起基因结构的改变，A正确；
B、在减数第一次分裂的后期非同源染色体上的非等位基因可以发生自由组合，属于基因重组，B正确；
C、基因突变是生物变异的根本来源，C错误；
D、21三体综合症的成因是多乐一条21号染色体，属于染色体变异，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义；基因突变的特征；染色体数目的变异．
考点点评： 本题考查基因突变、基因重组和染色体变异的相关知识，意在考查学生分析问题和解决问题的能力，属于中档题．