叶绿素如果不算蒂部分的话,即使有也是微量的.番茄果实由子房发育形成,初期含有叶绿体呈现绿色,之后叶绿体不繁殖,逐步分散或消亡,绿色渐渐消失.从植物结构上来讲,果实作为养分的贮存区域,必然有体积的增大,导致表面积与体积比的减小,所以与外界的物质能量交换减小,且果实内部不见光,不适于进行光合作用,如果有叶绿体则必然大量聚集于表面并呈现绿色,这与成熟的番茄果实完全不吻合.从遗传学上讲,番茄进化的成功之处在于用其特有的含有茄红素的果实吸引动物取食,作为传播种子的媒介.若番茄果实含有大量叶绿素,无疑会降低果实的鲜艳程度,在遗传学上是不利于物种延续的.
胡萝卜素根据其部分基团的不同分为许多异构体（类胡萝卜素）,茄红素就是其中的一种,同时番茄含有叶黄素和β-胡萝卜素