解题思路：该题的解答技巧：一、根据题干分析不同花色的基因组成，红色为A B ee，蓝色为aabbE，紫色为A B E，黄色为A bbee，绿色为A bbE，白色为aabbee；二、根据后代的表现逆推亲本基因型，关键是理解9：3：3：1的特殊比例．
（1）图示中的2途径是白色素在物质A的作用下表现为黄色，黄色在物质B的作用下表现为红色，由此可推知物质A和物质B分别是在A基因和B基因存在的情况下所合成的相应酶，故途径2所体现的基因控制生物性状的途径是基因通过控制酶的合成来控制代谢过程进而控制生物性状．
（2）“若两纯合亲本杂交得F1，F1自交得到的F2中紫色：绿色：蓝色=9：3：4”，这里无白色，有紫色、绿色和蓝色，说明两个亲本均无e基因存在．又因三种表现型比为“9：3：4”，是“9：3：3：1”的特殊形式，所以双亲的基因型为AABBEE和aabbEE或AAbbEE和aaBBEE．F2中的绿色矮牵牛基因组成为[1/3]AAbbEE和[2/3]AabbEE．故F2中的绿色矮牵牛自交，其后代中杂合子所占的比例为[2/3]×[1/2]=[1/3]．根据上述分析可知，白色的基因组成为aabbee，因双亲中无e基因的存在，F2中紫色个体的基因型为A_B_EE，所以紫色与白色个体aabbee杂交后代一定含有E，不会表现为白色．
（3）根据（2）的分析可知三对基因控制的花色素的形成中A、a与B、b是独立遗传和，而它们与E、e的关系（或位置）无法确定．若为进一步验证，可用让白色纯合的矮牵牛与紫色纯合的矮牵牛杂交得F1，F1自交，统计F2的性状表现及比例．
故答案为：（1）基因通过控制酶的合成来控制代谢过程进而控制生物性状
（2）AABBEE和aabbEE或AAbbEE和aaBBEE（答全才得分）[1/3]不能F2中紫色个体的基因型为A_B_EE，其与白色个体aabbee杂交后代一定含有E（答案合理即可）
（3）实验中F2所表现出的性状分离比只能证明A和B两对等位基因独立遗传，而E基因是否位于另外的染色体上不确定（合理即可）让白色纯合的矮牵牛与紫色纯合的矮牵牛杂交得F1，F1自交，统计F2的性状表现及比例．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用；基因与性状的关系．
考点点评： 本题考查基因自由组合定律及应用、基因与性状的关系，意在考查考生理解所学知识要点，把握知识间内在联系的能力；能用文字及数学方式等多种表达形式准确地描述生物学方面的内容的能力和计算能力．