解题思路：已知鸡的毛腿（F）对光腿（f）是显性，豌豆冠（E）对单冠（e）是显性，这两对等位基因均按自由组合规律遗传，由表现型可知：ABCD基因型都为F__E__．
（1）通过C×B→光腿（ff）可推出C：FfE__，B：FfE__；同理D×B→单冠（ee）可推出D：F__Ee，B：F__Ee；所以B：FfEe；又因为C（FfE__）×B（FfEe）→后代都是豌豆冠，所以C：FfEE；D（F__Ee）×B（FfEe）→后代都是毛腿，所以D：FFEe；C（FfEE）×A（F__E__）→后代都是毛腿，所以A：FFE__；D（FFEe）×A（FFE__）→后代都是豌豆冠，所以A：FFEE．
（2）D（FFEe）×B（FfEe）→毛腿单冠鸡的基因型为FFee或Ffee；C（FfEE）×B（FfEe）→光腿豌豆鸡的基因型为ffEE或ffEe．
（3）C（FfEE）×B（FfEe）的子代中光腿豌豆冠鸡的基因型ffEE：ffEe=1：1（各占[1/2] ）；D（FFEe）×B（FfEe）的子代中毛腿单冠鸡FFee：Ffee=1：1（各占[1/2]）．只有亲本的基因型为ffEe×Ffee时，子代中才会出现光腿单冠鸡（ffee），几率为：[1/2]×[1/2]×[1/2]×[1/2]=[1/16]．
故答案是：
（1）FFEEFfEeFfEEFFEe
（2）FFee或FfeeffEE或ffEe
（3）[1/16]
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因的自由组合定律的实质及应用相关知识点，意在考查学生对所学知识的理解与掌握程度，培养学生判断基因型和表现型的能力．