单细胞生物进化为多细胞生物的问题,有很多推测,比较著名的有以下几种学说
（一）群体学说
1．赫克尔的原肠虫学说 .认为多细胞动物最早的祖先是由类似团藻的球形群体,一面内陷形成多细胞动物的祖先.这样的祖先,因为和原肠胚很相似,有两胚层和原口,所以赫克尔称之为原肠虫.
2．梅契尼柯夫的吞噬虫学说.该学说认为多细胞动物的祖先是由一层细胞构成的单细胞动物的群体,后来个别细胞摄取食物后进入群体之内形成内胚层,结果就形成为二胚层的动物,起初为实心的,后来才逐渐地形成消化腔,所以梅契尼柯夫便把这种假想的多细胞动物的祖先叫做吞噬虫.
3．Barnes（1987）认为,团藻样动物虽被作为鞭毛虫群体祖先的原型,但是这些具有似植物细胞的自养有机体不可能是后生动物的祖先,超微结构的证据表明,领鞭毛虫类原生动物更可能是后生动物的祖先.领鞭毛虫有些是单体的,有些是群体的.
（二）合胞体学说
这一学说主要是由 Hadzi（1953）和 Harsan（1977）提出的,认为多细胞动物来源于多核纤毛虫的原始类群.后生动物的祖先开始是合胞体结构,即多核的细胞,后来每个核获得一部分细胞质和细胞膜形成了多细胞结构.对该学说,持反对意见者较多.
（三）共生学说
该学说认为不同种的原生生物共生在一起,发属成为多细胞动物.但对于不同遗传基础的单细胞生物如何聚在一起形成能繁殖的多细胞动物?在遗传学上难以解释.